As Pró-Reitorias são dirigidas por pró-reitores nomeados pelo Reitor, sendo órgãos executivos que planejam, superintendem, coordenam, fomentam e acompanham as atividades referentes às seguintes dimensões.
À Pró-Reitoria de Administração compete planejar, superintender, coordenar, fomentar e acompanhar todas as ações pertinentes as políticas de gestão orçamentária, financeira, contábil, patrimonial e de desenvolvimento e de qualificação pessoal do Instituto Federal Goiano, bem como elaborar, sistematizar e apresentar o relatório anual de gestão e os processos de prestação de contas.
À Pró-reitoria de Desenvolvimento Institucional compete, de forma orgânica, planejar, superintender, coordenar, fomentar e acompanhar as atividades e as políticas de desenvolvimento estratégico da Instituição, integrando as pro – reitorias e estabelecendo articulações interinstitucionais, fortalecendo a identidade, promovendo a visibilidade e avaliação do Instituto Federal Goiano.
À Pró-Reitoria de Ensino compete planejar, superintender, coordenar, fomentar e acompanhar as atividades e as políticas de ensino homologadas pelo Conselho Diretor, em consonância com as diretrizes emanadas do Ministério da Educação e promover ações que garantam a articulação entre o ensino, a pesquisa e a extensão.
IV – À Pró-reitoria de Extensão compete: planejar, superintender, coordenar, fomentar, promover e acompanhar as atividades e as políticas de extensão e relações com a sociedade e interlocução com o setor produtivo, articuladas ao ensino e à pesquisa, junto aos diversos segmentos e organizações sociais.
V – À Pró-Reitoria de Pesquisa, Pós graduação e Inovação compete definir as diretrizes de todas as ações em nível de pesquisa, pós graduação e inovação bem como programar, coordenar e avaliar a execução de ações de fomento que envolvam recursos próprios ou de instituições de apoio, em sintonia com as demandas internas e com as demandas das comunidades locais e regionais, em articulação com o ensino e a extensão, de forma a contribuir com o crescimento científico, econômico e social.